Es la persona funcionaria electa por la Asamblea Universitaria conjuntamente con el rector. Desempeña funciones ejecutivas propias y aquellas que le delegue el rector, asume con este la corresponsabilidad del caso en la rendición de cuentas.
Quien ocupe el puesto de rector adjunto debe cumplir con los mismos requisitos establecidos para el rector.

Dentro de sus funciones destacan

1. Colaborar con el rector en las tareas de gobierno y gestión de la universidad.

2.  Generar estrategias de coordinación entre las diferentes vicerrectorías, con el fin de garantizar que la labor desarrollada esté en consonancia con las políticas institucionales y el plan de mediano plazo institucional de la universidad.

3. Presidir el Consejo Académico y velar por su buen funcionamiento y ejecutar sus acuerdos.

4. Impulsar acciones y procedimientos que garanticen la excelencia en todo el quehacer de la universidad.

5.  Sustituir al rector en su ausencia temporal o definitiva y representarlo en las actividades que este le designe.

6. . Rendir cuentas, al menos una vez al año, junto con el rector, de la gestión universitaria.