La Rectoría Adjunta es una instancia trascendental de la gobernanza institucional que preside el Consejo Académico y vela por el buen funcionamiento de este, asimismo tiene la responsabilidad de articular y promover estrategias de trabajo entre las vicerrectorías académicas, también ejerce competencias de conducción superior de las secciones regionales; lleva a cabo la planificación de la ejecución y optimización del recurso laboral académico, aprueba las estrategias de atracción, formación y estabilidad laboral para la contratación del personal académico, así como la gestión presupuestaria para impulsar iniciativas académicas a nivel institucional, sin dejar de lado que es la responsable de implementar tanto el modelo de Universidad Abierta como el Sistema de Gestión de Calidad (SGC-UNA) para garantizar la excelencia y transparencia en todo el quehacer de la universidad.

En conjunto con la Rectoría y las vicerrectorías ejercen las competencias conducentes a la gestión universitaria (que incluye la gestión académica y la administrativa), y constituyen, en conjunto, el nivel ejecutivo superior de la institución.